隋大业元年（605年），隋炀帝征发江南，淮北民工百余万人修建大运河，其中通济渠汴河段，正好穿过新建25年的泗州城。大运河开通后，泗州就成了黄淮漕运中心、汴渠与淮河交接口的一座内河交通枢纽，泗州由此繁盛。
唐代汴河段漕运量，年平均为三四百万石，最高年运量六百万石，到北宋更是达到年平均六百万石，于是泗州城“官舻客扁满淮汴，车驰马骤无间时”，当时城中有居民9000余户、36000余人。
2012年古城遗址出土的物品相当丰富，有青花瓷，有直径3米、一人深但不知用途的大铁锅，有打仗用的石雷、铁蒺藜，甚至有帝王规格的龙纹瓦当……“这足以印证，当初受大运河和淮河润泽的古泗州，是古代交通中转要地和战略据点。”南京博物院考古所所长林留根说。
泗州又是一座“山水朝拱、风气凝萃”的绝美古城，它“南瞰淮水，北控汴流，地虽平旷，而岗垄盘结……人杰地灵，物流繁茂，实乃形胜之区”。苏东坡赞其“澹娟娟、玉宇清闲。望长桥上，灯火乱”。
1385年，大明开国皇帝朱元璋来到了这里。在泗州城北门外十三里处的杨家墩，修了规模宏大的“明三祖陵寝”，墓前石雕之精美，甚至胜过南京明孝陵。由此，古泗州城在空前发达的商业和交通之外，又有了陪都之地位、行宫之辉煌，成为明代的政治文化中心之一。
去年年初以来，考古学家陆续找到了古泗州城墙、门楼、月城、月门，还有城内的机关、学校，普光王寺、福庆寺、关帝庙、灵瑞塔、光春亭等建筑物，都是“世界级的文化遗产”。
但这些已经重见天日的部分，对古泗州城而言，仍然只是初揭面纱。
《凤阳府志》记载：古泗州城呈椭圆形，长1.9公里，宽1公里，面积约2.5平方公里，共5个城门，每个城门外都有扇形的瓮城。这与考古学家们的推断是相符的：整座古城范围大约2.86平方公里，总面积将近400万平方米。
而如今古泗州城已发掘面积，不过是全城的1/10。另有1/6面积没入了紧挨着发掘现场的淮河茫茫大水之中。即便是在陆地下的部分，最深处也有6米多，“被层层泥沙盖住”。
盛极一时的古泗州城，是在1680年被大水淹没的。这年冬十月，暴雨导致“淮、黄并涨，有滔天之势”，连下70多天后，终于酿成了毁灭性的大水：“淮大溢，外水灌注如建瓴，城内水深数丈，樯帆往来可手援堞口。”
大水先是冲开了泗州城外东北角的石堤，决口70余丈。接着，西北角城墙忽然崩塌，“开口数十丈”，大水冲入了城中。从此，泗州城连同城郊的明祖陵一道没入了水底，只剩城中的两座塔顶还露在水面上。
2012年2月，古城城门内出土了一个半人高、几十斤重的抱鼓石，它原本应该在城门外，但却出现在城门内，移动了足足2米，考古学家们说，从这件重物的大距离位移，足可见1680年这场大洪水来势之急。
大水没城后，当时的知州莫之翰欲哭无泪。他搭棚驻守在还未没顶的防洪堤上，现场设点赈济灾民。后又在泗州城外筑新堤两道，以保护防洪堤上的州署和棚户居民。
他和他的后任始终盼着朝廷能有个办法，让沉没于水下的城池再浮上水面，回到他们手上。
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