元代实行的是民族歧视和民族压迫政策。元世祖至元时，把居住在当时中国境内的人分为四等：第一等是蒙古人，包括原来蒙古各部的人：第二等是色目人，包括西夏、回回、西域以至留居中国的一部分欧洲人；第三等是汉人，包括契丹、女真和原来金统治下的汉人；第四等是南人，指南宋统治下的汉人和西南各民族人民。元统治者把色目人列为第二等，是因为要提高回回上层分子的地位，使他们成为蒙古贵族统治的助手。把汉族分为汉人和南人，则是为了要分化汉族人民，削弱他们的反抗力。 元朝政府采取各种方法来固定这些民族的等级。
在统治机构中：长官和掌权的官吏都是蒙古人或色目人，其次才是汉人，而南人在宋亡后的一个长时期内，几乎很少人在中央作官。地方的官吏达鲁花赤一般也由蒙古人担任，并规定色目人作同知，汉人作总管，同知、总管彼此互相牵制，都要服从达鲁花赤的指挥。在军队组织上：有蒙古军、探马赤军、汉军和新附军的区别。出兵时各军参差调用，而以蒙古军为主力，军权都掌握在蒙古军帅的手中。在刑法上：规定蒙古人、色目人和汉人分属不同的机关审理，蒙古人殴打汉人，汉人不得还手，蒙古人打死汉人只流放北边充军。又规定汉人、南人不得聚众败猎和迎神赛会，不得执弓矢，甚至连养狗养鹊鸟都不许可。在征敛方面：如括马，蒙古人不取，色目人取三分之一，汉人、南人则全取。此外，在《元典章》中纪录的很多法令，都是针对汉人、南人制定的，并且指出蒙古人不受这些法令的约束。
但是这种民族歧视的政策对于某些投靠蒙古统治者的汉族大地主是不适用的。元朝的法令禁止汉人执弓矢，元世祖却对汉宫汪惟和说：“汝家不与它汉人比，弓矢不汝禁也，任汝执之”。有些很早就投靠蒙古统治者的汉族地主，如大兴史氏、易州张氏、真定董氏等，在元朝的地位和待遇都与蒙古贵族相差无几。相反的，许多蒙古族的下层人民也没有享受到所谓统治民族的特权。草原上的蒙古牧民，在繁重的军役和租赋剥削之下日趋贫困，甚至破产流亡。到了元朝中叶，常有大批蒙古族贫民流到大部、通州、漷州等地，有的被卖到汉、回之家作奴婢。
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