西南中沙群岛开发的历史极其漫长。很早以前，中国人民就懂得在经营、开发岛屿和利用海洋资源时，加以相应保护。例如，在诸多岛屿礁滩上种植的林木、放养繁殖的各种陆生动物，给海岛营造了良好的生态环境，是我们的祖先留给后代的宝贵遗产。新中国成立后，西南中沙群岛的海洋环境、自然资源的保护工作得到有关方面的高度重视和鼎力支持。就目前来说，西南中沙群岛的岛屿礁滩及其海域的环境就得到很好的保护。但不容忽视的是，海洋捕捞和海岛开发出现的一些不端行为，给海洋资源和生态环境带来了不同程度的破坏，海洋污染从滨海向深海蔓延的趋势；同时，远海航运、深海开发产生的废弃物质也不同程度地影响到海洋的自然环境。为了更好地开发、利用和保护海洋，我国政府及广大海洋工作者不断加强海洋的研究与保护，不断强化海洋保护措施。在西南中沙群岛，现划定的自然保护区和设立的保护项目主要有：
东岛白鲣岛自然保护区。白鲣鸟，全身洁白，渔民们称为“鸟白”。是西南中沙群岛的主要鸟类。主要集中在西沙群岛的东岛。白鲣鸟颇善飞行，早出晚归，飞行方向随季风变化很有规律，被渔民亲切地称为“导航鸟”。即可根据鲣鸟的飞行规律确定航行方向和岛屿位置。自古以来，在渔民中是禁止捕杀鲣鸟的。1981年我国政府划定东岛为白鲤鸟自然保护区。西南中沙群岛办事处派出专人上岛管理。驻岛人员大量植树造林，为鸟类提供栖场所，适风季或雨天，救助幼雏小鸟；并教育过往人员，保护鸟上生态环境和保护鸟类资源。
现在，东岛白鲣鸟自然保护区环境优良，鸟类生长繁衍如常。全岛已有鸟类50多种，白鲣鸟达约3万只，成为名符其实的海鸟的天堂。
保护造礁珊瑚。人们通常所说的珊瑚，是海洋生物中一种低等动物——珊瑚虫，属于腔肠动物，它生长在盐度正常、透明度好、水温18℃以上、离水面较浅的热带海洋中。西南中沙群岛海域有非常适宜珊瑚生长的环境，共有造礁珊瑚40属，134种和亚种。珊瑚从海中猎取浮游动物、吸收营养、不断地生长繁殖，并从身上分泌出一种石灰质，死亡留下它的石灰质外骨骼。珊瑚礁就是由这些细小的珊瑚经过几百年、几千年的沉积而形成岛礁的。保护珊瑚，就是为珊瑚生长提供有利的繁殖环境和条件，促进各岛礁环礁地形的发育。在西南中沙群岛居民和流动渔民当中，保护造礁珊瑚已经形成长期的自觉行动。不向珊瑚礁盘上排放生产和生活废水，保护海水清净；不在珊瑚环礁的礁盘上践踏或采集珊瑚。一直以来，西南中沙群岛各岛屿礁滩的造礁珊瑚得到良好的保护。
保护渔场鱼类资源。捕捞业是西南中沙群岛经济发展主要产业，广阔的海场和丰富的鱼类，每年吸引大批各在渔民来岛作业，由于我国远海捕捞技术还比较落后，在西南中沙群岛的渔场的浦捞量远未超过鱼类资源的再生能力。但是，大量的捕捞特别是某些经济价值较高的鱼类的集中捕捞，已经使鱼类资源有了减少的趋势，引起了有关方面的重视。西南中沙群岛水产渔政部门不断加强对来岛作业渔民的教育，不断加强对渔场的行政管理，严禁滥捕滥杀，严禁在渔场炸杀、毒鱼、电鱼。
保护海龟。海龟是少数几种海洋爬行动物之一，是世界性保护的海洋动物。多年以来，我国政府就把海龟列为国家二类保护动物加以保护。严禁捕捉海龟，严禁买卖海龟，严禁拾取龟蛋，严禁破坏海龟长生海域和海岛的生态环境。现在每当夏季西南季风盛行时，随西南暖流从斯里兰卡、印度尼西亚、马来西亚附近海区进入西南中沙群岛的海龟愈来愈多，它们在各岛屿礁盘上交配，爬上沙滩产卵，许多还滞留在岛屿礁盘上越冬。
保护几种国家珍稀的海洋动物。在西南中沙群岛，列为国家一级保护动物以上几种：
红珊瑚，属腔肠动物类。同其他珊瑚一样，终生水媳型，红珊瑚由中胶层形成骨骼，骨质坚硬，颜色艳美，状如繁枝之树，出产极其稀少。可作高级装饰品。
库氏砗磲，属软体动物类。壳大而厚，略呈三角形；壳面有高垄，垄上有重叠的鳞片。壳内光泽平滑。砗硬壳是古称七宝之一，与金银、琉璃、玛瑙、珊瑚、琥珀、珍珠齐名。其肉可共食用，是为稀品。
鹦鹉螺，属软体动物类。其壳甚大，平旋而无顶。表面灰白，内面具极美丽的珍珠光泽。栖息海底，夜间群游海中。现为珍稀动物之一，己很难捕获。
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