阿尔斯兰伊利克纳赛尔征服河中地区后，在卡迪尔汗玉素甫为汗国大汗时，哈桑的幼子、玉素甫的兄弟阿里特勤成为河中地区的统治者，自称桃花石•喀喇汗[桃花石，即是拓拔的不正确拼写，中世纪指中国，特指拓拔鲜卑王朝统治过的中国北部地区]。他死后，儿子玉素甫继位。1038年，曾征服河中地区的纳赛尔的儿子伊卜拉欣从玉素甫的囚禁中逃脱，募集军队，同玉素甫争夺河中地区。经过两年多的战争，伊卜拉欣攻下布哈拉，控制了整个河中地区。
一百多年的政治演变，喀喇汗王朝汗族的两大系已完全形成，即长支阿里系和幼支哈桑系。其初，汗国的统治权控制在阿里系手中，但玉素甫•卡迪尔汗占领喀什噶尔后，汗国的统治权转到哈桑系手中。1041年伊卜拉欣用武力夺取布哈拉后，阿里系控制了河中地区，而哈桑系只控制汗国东部。伊卜拉欣自称桃花石•博格拉•喀喇汗，完全独立自主，不承认东部喀喇汗为宗主。于是在中亚地区完全平行的两个独立汗国——东部喀喇汗王朝和西部喀喇汗王朝形成历史分述如下：
东部喀喇汗王朝的第一代大汗是哈桑系的苏来曼。他早在1032年已继位为阿尔斯兰汗，名义上是整个汗国的最高首领，但是1041年伊卜拉欣在河中地区独立后，他便成了只是东部汗国的首领。阿里系在河中地区取得成功，迫使哈桑系也团结起来。伊斯兰历435年（1043—44年）哈桑系召开家族会议，重新划分领地。苏来曼阿尔斯兰汗直接统治巴拉沙衮和喀什噶尔地区，其余地区分给自己的亲族去统治。在苏来曼统治时期又有一万帐游牧的突厥人皈依伊斯兰教，但大批从“吐蕃”来的突厥人则“有礼貌地拒绝伊斯兰教”，也没受到虐待。苏来曼是一位比较开明的君主，伊本•阿西尔称他为“科学和宗教的朋友”。伊斯兰历448年（1056—57年）他与弟弟博格拉汗穆罕默德发生战争，战败被俘，后者成为东部王朝的大汗。
穆罕默德在位仅十五个月，便于1058年让位于长子侯赛因。但是穆罕默德的一个妃子毒死了穆罕默德及其家族中许多人，扶自己年幼的儿子伊卜拉欣登上汗位。
伊卜拉欣统治时间也很短，而且实权在母亲手中。因为汗位来得不“合法”，东部汗国的各地领主反对他；西部喀喇汗王朝桃花石汗伊卜拉欣趁机夺取费尔干纳地区。伊斯兰历451年（1059～60年）伊卜拉欣奉母命去攻打巴尔斯罕城，被该城领主打败，被俘后处死。
伊卜拉欣还在位时，他的叔父马赫穆德已宣布为王朝的大汗，自称托黑鲁尔•喀喇汗。在他统治时期，阿尔斯兰特勤率领四万穆斯林打败了七十万异教徒的进攻，并渡过伊犁河与额敏河作战。托黑鲁尔汗马赫穆德的另一武功是收复了费尔干地区，与西部喀喇汗王朝的边界划于忽章河（史书或称苦盏河，锡尔河中游的名称，因流过苦盏城得名）。
马赫穆德死于伊斯兰历467年（1074—75年），由儿子奥玛尔继位。他只统治了两个月就被喀什噶尔统治者博格拉汗哈桑取代。
哈桑是东部喀喇汗王朝第一代大汗苏来曼之子。他是喀喇汗王朝史上著名的可汗，戴有“正义和宗教的保卫者”、“宗教的荣誉”、“东方之王”等伊斯兰封号。在他统治时期，喀什噶尔的文化空前繁荣，玉素甫•哈斯•哈吉甫的长诗《福乐智慧》就是献给他的。阿卜都•伽费尔的《喀什噶尔史》也是在这一时期写成。但这部史书已失传，只有一些片断保存在杰马尔•卡尔希的《苏拉赫词典补编》中，我们今天所知道的喀喇汗王朝早期历史的一些情况，主要就是靠保存下来的这些片断。
更多文章：