西域都护府驻地乌垒城在今轮台县策大雅乡野云沟。选址在此，一是考虑到地处西域中心，便于统治；二是考虑到靠近轮台屯田基地，可以依托。西域都护除直接掌握领导汉朝在西域的驻军外，奏请朝廷批准，还可以调遣西域诸国的军队，维护地方安宁，保障丝绸之路畅通。按汉制，西域都护任期一般为三年。据史籍记载，自汉宣帝任命郑吉起，到王莽新朝约七十余年间，西域都护皆选勇敢有谋略者，共有十八人担任此职。
郑吉在西域都护府建立初期，为了对西域进行有效的管理，调解西域诸国之间的关系，做了大量的工作，神爵二年被封为安远侯，十年后病卒。他在西域二十余年，以屯田渠犁、击破车师、迎降日逐王，出任西域都护而功绩卓著，永载史册。如《汉书》所论：“汉之号令班西域矣，始自张骞而成于郑吉。”
随着统一西域事业的完成，西域都护府的建立，公元前48年又设立戊己校尉，主管屯田事宜，使西域屯田获得了更大的发展。郑吉任西域都护期间，正是西域屯田规模达到空前时期。轮台屯田区最盛时，屯田士卒达到三千人。按桑弘羊的建议，“置校尉三人分护”。按当时每兵垦田二十亩计算，屯垦面积达六万亩，轮台成为汉朝在西域的著名粮仓之一。由于大力发展屯垦事业，既减轻了西汉政府和当地人民的负担，又解决了军队的后勤供应，增强了西域的防守能力。屯田是西汉政府为了统一和巩固西域而采取的一项重大措施。前期屯田主要是为来往西域的内地汉使提供粮秣，后来大规模的屯田，为统一与安定西域提供了可靠的物资保证。屯田之千古良策，影响至今。
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