阿合马，“回回人也，不知其所由进”，《元史》中对他早年叙述不详。从中亚、西亚的史籍研究中发现，此人是花剌子模国费纳客忒人（今塔什干），青年时代依附忽必烈皇后察必的父亲，得以成为皇后斡耳朵下属侍臣。忽必烈中统三年（公元1262年），阿合马开始得到重用，“领中书左右部，兼诸路转运使”，掌管财赋之务。忽必烈以“龙兴之地”开平为上都，任阿合马“同知开平府事，领左右部如故”。
进入忽必烈视野后，阿合马很有一番作为，“兴煽铁冶，岁输铁一百三万七千斤，就铸农器二十万事，易粟输官者凡四万石。”由于敛财收赋干得好，至元元年（公元1264年），忽必烈超拜阿合马为中书平章事。又过两年，忽必烈下旨任阿合马以中书平章政事兼领使职，全国财权皆集于他一人之手。
官升得快，阿合马主意也越来越多，他以屎中捡豆的认真劲儿，一会儿上奏改铸金银，一会出主意禁止太原当地人煮盐贩卖得利，苍蝇脸上剥肉，蝴蝶翅上刮粉，很得忽必烈欢心，又以他为“平章尚书省事”。
阿合马并非是一般巧言令色的佞臣，他为人“多智巧言，以功利成效自负，众人咸称其能”。此外，阿合马有口辩，常在廷议时与丞相安童等人争论时占尽上风，口舌如簧，滔滔不绝，忽必烈“由是奇其才，授以政柄，言无不从”。阿合马一朝权在手，就把令来行，并向忽必烈表示：“事无大小，皆委之臣，所用之人，臣得自择”，忽必烈允诺。这样一来，阿合马把人事大权又抓于己手。
至元九年，元廷并尚书省入中书省，阿合马又被任为中书平章政事。忽必烈1260年设的中书省是当时元朝中央最高的行政机关，中书令由皇太子真金担任，但只是名誉头衔，而左、右丞相之位又常空缺，平章政事实际上就是真正的中书省主管，类似今天的国务总理和首相。元朝的尚书省原先的名字是“国使使司”，类似今天的财政部，忽必烈曾把“中书六部”改为“尚书六部”，正是想突出“财臣”的重要性。阿合马倒是挺“举贤不避亲”，转年，就把儿子忽辛任命为大都路总管兼大兴府尹。
由于行事太过擅权，右丞相安童多次向忽必烈进言，皆无效用。阿合马蹬鼻子上脸，又派枢密院的心腹上奏皇帝要以忽辛任“同佥枢密院事”，想让他兼任“国防部长”。枢密院的最高官员是“枢密使”，也是真金太子挂名，所以，如果忽辛得任“同佥枢密院事”，等于阿合马让儿子掌握了元朝的军权，那样一来，忽必烈、真金父子的“家天下”，就会成为阿合马、忽辛父子的“家天下”了。
忽必烈这次没有同意，他把任命予以驳回，因为老皇帝深知阿合马的草包儿子担当不了如此重任，说：“忽辛连贾胡作生意的事情都不清楚，怎能负责机要大事！”（原文是“彼贾胡事犹不知，况可责以机务耶！”不少研究者望文生义或不看原文，以为忽必烈说忽辛是个“贾胡”，纵使“彼贾胡”断句，后面也连不上说不通）。
此后，阿合马有所收敛。随着江南收为元朝所有，阿合马为忽必烈出主意，在南宋旧境行盐钞之法，禁止官员私自买卖药材。为了最大限度征利，他又帮忽必烈设置诸路转运司，征利颇丰。高兴之余，每遇财政问题，忽必烈都会说：“此财务事，其与阿合马议之。”至元十五年，忽必烈对人感慨到：“夫宰相者，明天道，察地理，尽人事，兼此三者，乃为称职。阿里海涯、麦术丁等，亦未可为相。回回人中，阿合马才任宰相。”可见，当时在元世祖心中，阿合马名列群臣中的第一。
大权独揽之下，阿合马“益肆贪横，援引奸党郝桢、耿仁，骤升同烈，阴谋交通……内通货贿，外示威刑，廷中相视，无敢论列。”得知江淮行省平章阿里伯和右丞燕贴木儿不买自己账，阿合马便奏称这二人擅支钱粮，很快以贪黩罪杀掉二人。
元朝的“行中书省”简称“行省”，最早是中统年间忽必烈为了方便统治而设立的10个临时机构，当时叫“宣抚司”。行省架构是中书省的“具体而微”，正是中书省向全国的权力延伸，下辖路、府、州、县，近乎封建，权力很大。现在的“省”，正是由当年忽必烈的“行中书省”转变而来。
元廷宿卫中级军校秦长卿深知阿合马奸谋，“慨然上书发其奸”，被阿合马立即下令逮捕入狱，酷刑折磨而死。秦长卿上告信中有两句写得特别好：“现其禁绝异议，杜塞忠言，其情似秦赵高；私蓄逾公家资，觊觎非望，其事似汉董卓”。
纵观阿合马搜刮手段和内容，无外乎以下几点：其一，滥发交钞。忽必烈继位后，所颁定的中统交钞是以丝为本，交钞二两合银一两（银五十两为一锭）。1261年底，发行中统元宝钞，分为十等，以钱为准，一千文钱（一贯）相当于一两交钞。南宋灭亡后，元朝用中统钞倒换南宋的会子、交子，使币制达成统一。1273年以前，中统钞发行量相当有节制，每年不过十万锭。阿合马大权在握后，为了敛财，滥发钞币，自1276年开始，中统钞的币量每年都是大几十万锭，最高达一百九十万锭，如此，势必造成“物重钞轻”，最终使得“公私俱弊”，使元朝经济产生了严重的混乱。其二，阿合马大兴“理算”（又称“打勘”、“拘刷”），以检查清理政府财政收入为名实现敛财目的。其实，反贪反贪，越反越贪；理算理算，越理越乱。理算之法使得元朝各级官吏大鱼吃小鱼，小鱼吃虾米，最终吃大亏的还是基层官员和平民百姓。其三，阿合马大搞官卖垄断，对银、铁、盐等实行垄断权，又命官府括民铸造农器，使得农器品质相当粗劣又价格昂贵。同时，他巧立名目，增加各种税目，任意提高税金，甚至连死人也要收丧葬税，可以说是前无古人，无后来者。
阿合马致怨满天下，竭力排毁汉法以及儒士，使得儒臣与太子真金对他恨之入骨。但是，只要老皇帝忽必烈在位一天，真金太子不敢拿他怎样，最多是“恶其奸恶，未尝少假颜色”。有逸史讲真金太子曾在朝上当面殴打阿合马，似乎不是实情。真金自幼受儒家教育，温良恭俭让，不可能在父皇面前做出如此“失礼”的举动。
对于阿合马被杀的过程，《元史奸臣传》中这样写：
十九年三月，世祖（忽必烈）在上都，皇太子（真金）从。有益都千户王著者，素志疾恶，因人心愤怨，密铸大铜锤，自誓愿击阿合马首。会妖僧高和尚，以秘术行军中。无验而归，诈称死，杀其徒，以尸欺众，逃去，人亦莫知。（王）著乃与合谋，以戊寅日，诈称皇太子还都作佛事，结八十余人，夜入京城。旦遣二僧诣中书省，令市斋物，省中疑而讯之，不伏。及午，（王）著又遣崔总管矫传令旨，俾枢密副使张易发兵若干，以是夜会东宫前。（张）易莫察其伪，即令指挥使颜义领兵俱往。（王）著自驰见阿合马，诡言太子将至，令省官悉候于宫前。阿合马遣右司郎中脱欢察儿等数骑出关，北行十余里，遇其众，伪太子者（王著徒众）责以无礼，尽杀之，夺其马，南入健德门。夜二鼓，莫敢何问，至东宫前，其徒皆下马，独伪太子者立马指挥，呼省官至前，责阿合马数语，（王）著即牵去，以所袖铜锤碎其脑，立毙。继呼左丞郝祯至，杀之。囚右丞张惠。枢密院、御史台、留守司官皆遥望，莫测其故。尚书张九思自宫中大呼，以为诈，留守司达鲁花赤博敦，遂持梃前，击立马者坠地，弓矢乱发，众奔溃，多就禽。高和尚等逃去，（王）著挺身请囚。
《元史》的《裕宗传》中也记载：“盗（指王著一伙人）知阿合马所畏惮者，独太子尔，因为伪太子，夜入京城，召而杀之”。种种记载，都讲真金太子与阿合马被杀案无牵涉。但是，“元之旧史，往往详于记善，略于惩恶，是盖当时史臣有所忌讳而不敢直书之尔”。其实，杀阿合马的真正幕后指挥者，肯定是真金太子及其汉人高级幕僚，否则，张易那么一个枢密副使级的高官不会参加此事（虽然《元史》称其是被“矫旨”所骗）；王著一个千户，也没那么大能耐熟门熟路计划周详地杀掉当朝宰相。
真金太子之所以下决心杀阿合马，也与这位权臣先前诬杀御史中丞汉人崔斌有关。崔御史曾上章弹劾阿合马，阿合马很恼怒，便公报私仇，把崔斌排挤出中央后，仍然捕风捉影寻个罪名置崔御史于死地，使得太子及其手下诸臣忍无可忍。所以，王著等人挺身而出，杀阿合马事成或不成，均不会真正把真金牵入案中。
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