接下来我们要来看珊瑚礁岛屿主权的争议，南中国海是全球海洋生物多样性最高的海域，同时也蕴含着许多重要丰富的矿藏资源，因此长期以来，都是各国必争之地，围绕在南中国海域周边的国家，到现在仍然为了岛屿以及海域主权僵持不下，目前我国的东沙环礁和南沙太平岛，也因为主权争议，导致当地的珊瑚礁生态，面临危机。
搭乘海巡署的巡逻舰艇，花上三天三夜的航程，才能到达国最南端的国土，南沙太平岛，碧海、白沙的纯净美景，彷彿来到世外桃源，然而在宁静的海面，却隐藏着列强争夺的危机，我国为了加强防卫能力，也为了岛上驻守人员的紧急救助与物资运补的问题，2006年政府大肆砍伐岛上的热带海岸林，兴建一座军用机场，在宣示主权的目的之下，反而造成太平岛及外围珊瑚礁海域的生态危机。
同样在南中国海的东沙环礁，海洋资源也被许多国家的渔民，以毒炸的方式掠夺，再加上1998年的圣婴现象，全球海水温度升高，导致珊瑚大量白化死亡，根据估计环礁内有九成以上的珊瑚早被破坏，虽然目前已经设立为海洋国家公园，生态也渐渐在复原中，但还是无法全面杜绝越南及中国渔民，入侵保护区内违法捕鱼的挑战。近二、三十年来，南中国海周边的七个国家，为了各自不同的利益，也以各种手段瓜分占领大部分的岛礁，象是南沙群岛共有200多座的岛礁，中国就控制了其中的8座，台湾也有1座，越南、菲律宾、马来西亚、印尼和文莱也分别占据了45座以上的岛礁，有些被作为国力延伸的军事要塞，有些则是成为跨国合作，开发海洋资源的基地。
如果屏除人类的利益争端，回到海洋环境的永续性来看，或许该以和平、对等的方式，透过国际合作，把这些极为重要的海域保护下来，作为生物栖息繁衍的哺育场，毕竟这些丰富的自然资源，才是我们最珍贵的宝藏。