日本对中国丝绸依赖程度如此之深，即使官方勘合贸易照常维持，也远远不敷其所需，官方贸易停止，就使得屡禁不止的走私贸易更为兴盛。
对日走私贸易并不始于勘合贸易停止之日。叶权说：“浙东海边势家，以丝缎之类，与番船交易，久而相习”，嘉靖二十四年（公元1545年），日本商船十数艘到泉州，贩去湖丝、棉布、药材等物。勘合贸易终止后，走私之风就更盛。万历三十八年（公元1610年）一年中，浙江地方政府就缉获走私赴日贸易案件三起。三年起案件，所载商品都主要是江南绸缎。中日走私贸易之盛可见一斑。所以丁元荐感慨地说：“今之通番者，十倍于昔矣。”
原来东南沿海走私贸易主要系福建泉州、漳州和广东商人所为，出口也主要限于福建海澄一地。到万历年间，浙东及江南之人也多冒险出海贸易，而且由于江南为丝绸、棉布重点产区，置买商品物美价廉，杭州等到地成了海商的商品购买地，宁波因靠近商品产地，又出海方便，所以出海口漳、泉之外又增加了宁波，走私贸易区域在不断扩大。
隆庆开海禁前，对日走私只能直接偷渡，开禁后，至日本仍属非法，但可以堂而皇之地到西洋贸易，于是商人出航时，先向西洋南行，到远离官府巡缉范围，就折而向东行驶，对日贸易较前事实上便利得多。这也就是隆庆以后江南与日本丝绸贸易甚于往日的一个重要原因。从业的人数，经营的规模也颇为突出。即如万历后期的三起案件，参与其事的就有广东、福建、浙江三省的商人，而且往往是不同省域、不同地区的商人组织在一起从事贸易。仅其中一起，就擒获“伙犯六十九人”。其经营方式，有一起为商人自备大船，自己在福建收买杉木，在苏杭置买湖丝；两起为船户自置备大船，雇请舵手，水手、银匠以及向导、通事等，招徕商贩，“有买纱罗紬绢布匹者，有买白糖磁器果品者，有买金扇梳篦毡袜纸等货者，”船主向商人抽取银两，然后再与舵工水手分成。在前一种情形下，商人自备船只，又置备货物，运输兼经营，需要的投资较多，往往采用合本经营的方式。在后一种情形下，商人与船户分工，商人不必备船只及运输费用，船户也不必垫支购买商品的资本，特别适合那些资本并不雄厚的商人。从后来的发展看，这种情形较为多见。
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