汪直也许是意识到了在东南沿海的安全系数并不高，因此开始在日本的萨摩的淞浦津（今平户）以及附近五岛列岛一带建立了基地。
这里要提一句的是，汪直在日本萨摩洲的地位是相当高的，日本的《大曲记》就这样说道：“道可君（松浦隆信）系福禄、武运具昌之人，故有五峰者自大唐至平户津，于今之印山旧址建唐式宅而居。用其所长，而大唐商船不绝于途，甚至南蛮黑船亦初泊平户津。唐与南蛮之珍货年年充盈，京、界诸国商人亦云集于次，有西都之称。” 把汪直的到来，看成是当地城主贤德的象征，这个恭维不可谓不高。
从另一个意义来说，汪直甚至可以算是结束日本战国混战局面的一个关键性因素，如果没有他，恐怕日本至少还要再多乱上一段军阀混战的时间。根据日本《南浦文集•铁炮记》的记载，在嘉靖二十二年（公元1543年），汪直从暹罗带着三名葡萄牙商人抵达了日本九州南方的种子岛，正是通过汪直的推荐、介绍和翻译，种子岛岛主时尧才从这三名葡萄牙人那里购买并引进了西洋火枪和弹药的制造技术，这就是在日本赫赫有名的“铁炮”。随后这种火枪和弹药的制造技术很快在日本流传，最后为日本战国天才霸主织田信长认识到了其划时代的意义，他后来消灭号称战国第一的武田骑兵军团时使用的武器，就是这种铁炮，并从此开始了日本大兵团作战使用火枪的时代，也成就了他的一代霸业。
而这个时候的明朝政府，却对葡萄牙人带来的武器还保持着怀疑态度，并且因为海禁政策而拒绝和对方进行正常交易，最后获取这些武器的渠道是居然是“缴获”，并因此也没有得到其制造技术，所以后来一直到明末，仿制品“红衣大炮”炸膛现象还比比皆是，以至士兵们视发炮如死路，发展到要长官骑在炮上才敢开炮。有明一代的火器质量最好的，就是从“佛郎机”人那里“缴获”来的，所以数量极少。
实际上，不但只是汪直在日本建立了贸易基地，长期以来相当多海商和汪直的部属，都在日本落了脚，汪直甚至还占据了淞浦津，在那里开国任命官吏， “僭号宋，自称曰‘徽王’，布置官署咸有名号。控制要害，而三十六岛之夷地皆其指使”。这里要注意的是，并不是汪直投靠了日本人，而是日本人投靠了他，或者说他实际占
领并控制了这些地区和居民：“控制要害，而三十六岛之夷地皆其指使”，按照现在某些人的标准，也许我们可以这样说，汪直部下的那些日本人，在日本大约是可以算得日奸的，因为他们投靠了一名外国人，并且在为这个外国人卖命。只是汪直在日本人眼里是个值得尊敬的人，他不但是个诚实的商人，而且信誉好有文化极具风度，还为他们带来了空前的繁荣和最新的科技，因此即使仅仅是汪直的到来，都可以算是证明他们的城主福分的一种表现，又怎么可能要求他们这样去看待被汪直所雇佣的同胞呢。
但随后在七月，汪直的互市基地被抗倭名将俞大猷率部突击，他在突围后直接去了日本，此年并无深入内地。之所以一直说是汪直入寇，乃是因为五月入侵的万余漳、泉海盗和倭寇在多处登陆，尤其是当时的黄岩被破，使得部分明官吏疑心前往那里协助明军消灭倭寇的汪直并不想真正消灭倭寇，而是在勾结倭寇为盗，所以便把此年的倭寇入侵也归咎于他。
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