胡宗宪对这样的局面始料不及，顿时陷入了困境，在丢乌纱帽乃至杀头的压力下，他最后和以前那些为了本身利益默许汪直互市的官员一样，终于“易词以闻”，同时展开了对汪直所部毛海峰等人的进攻。
于是，“直论死，碧川、清溪戍边”，汪直最后在系狱近二年后被杀。
汪直的养子毛海峰在闻其下狱后，一方面觉得因为自己轻信胡宗宪导致汪直被捕而大惭，一方面又为遭受欺骗而大怒，于是与谢和两人将人质夏正杀害分尸，并在舟山岑港和明军开战，但因力量悬殊而最后败退出海。
于失去了汪直这个领头人而受到了惨重打击，汪直所部自此慢慢衰落，最后彻底退出了历史舞台。
嘉靖三十八年（公元1559年）十二月二十五日，“诏斩王直于杭城官巷口”。在临刑前，汪直要求与儿子见面，并把束发金簪交与其子，而后相拥而泣，继而伸颈受死。在他死后，他的妻、子被“没入成国公家，至今子孙尚在不绝。”
他在临刑前唯一的公开遗言，则是长叹道：“吾何罪，吾何罪，死吾一人，恐苦两浙百姓！”
果然，他这临刑前的预言，在他死后很快得到了应验。
倭寇的活动并没有如明政府一些官吏们所想象的那样，因为汪直这个“倭寇”头目的被杀被消弭下去，而是在汪直死后慢慢地达到了高峰，渐渐地频繁出现数万人的大规模入寇。 并且活动范围大大增加，从江苏、浙江蔓延到福建、广东，大约在嘉靖四十年前后最为猖獗规模也最大，一直到隆庆年间才渐渐被荡平。
以汪直为首的海商集团，是一直在要求“通商互市”的事实的，而实际上也正是在汪直死后，倭寇和海盗才开始真正达到了活动高峰。
究其变化的原因，不外是因为海商代表人物汪直的死，让中、外海商们认识到，互市和通商只是一个梦想，是绝无可能实现的，于是他们这些人的出路没有了，无论他们怎么样，他们都永远只能是“寇”，所以就此真正地沦为了海盗。他们和汪直的不同的地方，在于他们很少有人和汪直一样有明确的政治目标，汪直始终在寻求着合法“通商互市”的可能，哪怕动用武力也在所不惜，并且在最后以自己生命做了一次彻底的赌博。
不过，在“片板不许入海”的闭关锁国政策前，汪直输得血本无归。
汪直死后的第七年，也就是嘉靖四十五年（公元1566年），漳州知府唐九德在月港设县治的提议，得到了明中央政府的批准，并于隆庆元年（公元1567年）在月港设海澄县。同年，福建巡抚都御史涂泽民议开禁例，准民间通海贸易，但拒绝与日本贸易，也终于得到批准。
于是自此开始一直到明朝灭亡，海澄的月港都是中国唯一合法的出海通商进行海外贸易港口。而江南也一直是明朝最富庶的地方，并且少有大规模的叛乱，“市通则寇转为商，市禁则商转为寇”，“非复市舶，无以塞日后之乱源”，这些当时支持开放海禁的人说过的话，最后通过事实得到了检验，并被证实是正确的。
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