五月四日，朝鲜庆尚道水军统制使李舜臣率舰队开赴战场。七日，李舜臣袭击在巨济岛玉浦的日军舰队，焚毁日舰二十六艘，击沉五艘。第二日再战，又击沉日军大中战舰十三艘，日军败逃。玉浦海战，是朝鲜军队自日军入侵以来的第一次胜利。
五月二十九日，李舜臣在泗川海战中，动用了他的秘密武器“龟甲舰”，交战日舰十三艘全部被击沉。六月二日，李舜臣在唐浦海战中击毙九州大名龟井真矩。五日，消灭了加藤清正属下战舰三十三艘。六日，全歼日海军名将来岛通久舰队，当场击毙来岛通久。七月八日，在闲山岛海战中击败了胁阪安治水军，日舰被毁三十九艘。十日，击沉了九鬼嘉隆的旗舰，并焚毁日舰四十二艘战舰……
李舜臣取得了一连串的胜利，已经完全掌握了制海权。由于海上的补给线被切断，和陆上人民组织义兵不断反抗，日军的进攻被迫停止。朝鲜国王为了嘉奖李舜臣，特意为他设立了“三道水军统制使”（相当于海军总司令）的职务，令其总督朝鲜三道水军。
面对朝鲜的不断告急，明朝政府也认识到“关白之图朝鲜，其意实在中国”（明援朝经略宋应昌语，见《明史•纪事本末》卷六十二），遂决定发兵抗日援朝。
六月下旬，辽东副总兵祖承训率领五千明军开赴朝鲜。祖承训傲慢轻敌，急切想建功领赏，在对日军毫不了解的情况下轻举冒进。他于七月十六日黎明，乘日军无备突入平壤城，与守城的七百日军展开巷战。结果由于明军全是骑兵，巷战极为不利，招致惨败。
十二月二十三日，明将李如松率领明军主力四万三千余人入朝参战。万历二十一年（1593年）初，凭借着明军火炮的优势（增援小西行长的大友义统居然被明军大炮声吓跑了），李如松击败小西行长，连克平壤、开城。据记载，日军的鸟铳射程在五十到二百米之间，而明军火炮的射程最远可达三千米！
正月二十四日，李如松在开城召集各路将领研究下一步的作战计划，由于各路将领意见不统一，作战计划暂未确定。于是，李如松派副总兵查大受等率三千明军往京城方向侦察。二十七日，查大受军队遭遇日军加藤光泰部，与之交战，日军败退。但加藤光泰立刻向主将小早川隆景报告，小早川率军二万将明军查大受部包围在碧蹄馆。此时李如松正好率一千轻骑出来查看地形，得知查大受被围，立即杀入重围营救查大受。由于双方兵力悬殊，明军又未带任何火器，难敌日军火枪，情况危急。幸好杨元率领一千明军连夜前来救援，小早川隆景高估了援军数量，率军撤回京城。
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