丰臣秀吉遗命从朝鲜撤军。五大老决定密不发丧，以丰臣秀吉名义指示在朝各军撤退回国，争取最体面的议和。日军的撤退部署是：东部驻西生浦、梁山、竹岛各部，于十一月先行撤退，在釜山集结，候船返国；中部居昌的日军，就地上船返回本国；西部驻顺天、泗川、南海、固城之日军，待东部日军撤离后，分头到巨济岛集结，再乘船返国。并且约定十一月十五日为最后撤退期限。
从九月起，中朝两国海军不断在海上截击撤退回国的日军舰队，使日军遭受巨大损失。十一月十五日的最后撤退期限已至，但小西行长被李舜臣截住，难以回国。十八日，岛津义弘率舰队乘夜来接小西行长。十九日，中朝海军与日军进行了一场侵朝战争中最大规模的海战——露粱海战。此战共击沉焚毁日军舰只四百余艘，日军伤亡数万人。但不幸的是，李舜臣与明海军将领邓子龙双双战死。
至此，日军残余已经全部撤退回国，文禄、庆长之役结束。在这场战争中，日本各藩国人力物力的损失十分惨重。侵朝战争的失败，也是促成丰臣政权垮台的重要原因。
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