中国东南沿海的倭寇之乱，起自于元朝，在明朝实行海禁后，其祸害程度逐渐达到顶峰。
在元朝以前的中日两国关系，自正式邦交以来，主体上基本是友好的。
中日两国之间的正式邦交，应该起始于三国时期。魏景初二年（公元238年）六月，倭女王卑弥呼遣使来华，魏文帝曹丕很是高兴，于是互赠礼物，并诏封其为“亲魏倭王”，对两位使者也都有封赏。日本其时颇依赖于中国，甚至国内有宗室纷争，亦要来华找曹丕分辨曲直，求为仲裁：“倭女王卑弥呼与狗奴国男王卑弥弓呼素不和，遣倭载斯、乌越等诣郡说相攻击状。遣塞曹掾史张政等因赍诏书、黄幢，拜假难升米为檄告喻之”（《三国志》）。而日本近年更出土了曹丕所赠之五尺宝刀及铜镜，器物上所铭年代与《三国志》无异，由此可知记载不虚。
到蒙古入主中原后，元世祖忽必烈听信高丽人赵彝之言，于至元十一年（公元1274年）、至元十八年两次远征日本，结束了两国自三国到唐、宋以来相对友好关系，开始了敌对状态，进而东南沿海开始出现倭寇。
为了对付倭寇，元朝先于大德七年（公元1303年）取消了市舶机构，并“禁商下海”，在至大元年（公元1308年）又重新恢复，至大四年再度取消。而日本政府也因为恐惧元军的再度入侵，因此加强海防，不曾与中国来往。
到了元末明初，由于陈友谅、张士诚、方国珍等人所部多有水师，而他们在被朱元璋消灭后，部下颇有逃至海上在两国间以走私和海外贸易为生的，甚至后来的明建文帝，也有说是去了南洋，而郑和下西洋的原因，就有人认为是去寻找建文帝，并试图将其消灭以绝后患的。
于是朱元璋在消灭南方敌对势力准备北上灭元前，很担心南方敌对残余势力勾结倭人入侵沿海，因此于洪武元年（公元1368年）、二年、三年、五年数次遣使去日本交好，但日本这时正好处于南北朝交战时期，道路为南朝所断，朱明交好的意图未成，因此开始实施海禁政策。到后来日本南朝为北朝所并吞，有相当部分武士成为了为浪人，部分浪人则沦为了海盗，前来骚扰中国沿海。但因为此刻明军战斗力强盛，水师也堪称一流，外加日本也是战后百废待兴，所以倭寇属于零散现象，没有形成气候，为祸不算太大。
只是倭寇的出现，却使得明政府采取了一项重大的错误政策，也就是开始全面地绝对禁止民间海上贸易的海禁政策。
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