荷兰人从事台湾的中转贸时，正是明清王朝更迭之时，先后以郑芝龙郑成功父子为中心的贸易集团活跃于东南沿海，成为足可与荷兰殖民者的抗衡的唯一一支商业力量。郑芝龙于1628年被明招抚后，“独有南海之利，商船出入各国者，行芝龙符令乃行”，成为东南沿海首屈一指的海商集团。1640年，郑芝龙首次派遣两艘大型商船满载直航日本，分别占了唐船生丝总输入量的三分之一和丝织品总输入量的三分之二，1642年更占了近30%，1643年高达80%。
如果说郑芝龙时荷兰赴日船还占有相当比列，中国丝绸还有相当大部分经由其输入日本，那么到了郑成功在其父于1646年降清后，揭起反清旗帜，并更加积极从事对日贸易。据荷兰商馆日记记载，1649年和1650年各有郑成功的一艘大船抵日。1650年的船装载生丝达12万斤。而当时唐船输日生丝不过16万斤，各地船只输入的生丝总量也不过23万多斤。荷兰东印度公司报告，“自1654年11月3日最后一艘船启航到1655年9月16日为止，由各地入港的中国商船五十七艘，其中安海船四十一艘，大部分为国姓爷所有。另外还有泉州四艘，大泥船三艘，神州船五艘，南就船一艘，漳州船一艘及广南船三艘。正如日本商馆日记所附载的详细清单显示的那样，上述各帆船除运载十四万零一百斤生丝外，还运来了大量的丝织品及其它货物。这些，几乎都在国姓爷帐上”。据山胁悌二郎估计，郑成功每年输入华丝为7~8万斤。郑成功通过征收牌饷和借贷资本等方式保护商人贸易，令荷兰等西方殖民者望而生畏。依据上述资料，准之当时输入生丝总数，则在17世纪50年代，郑成功属下或受郑氏保护的商船输日华丝已占了主要部分，可以说，到这时，荷兰人的中转贸易已为郑成功所取代。1662年郑成功收复台湾后，直到清朝开海禁，以台湾为中转的中日丝绸贸易一直操于郑氏之手。因此换言之，其时日本的生丝来源除了中国内地与日本的直接贸易外，主要依靠郑氏的台湾中转贸易。而台湾中转的丝及丝货，则主要来自马尼拉。毋庸赘言，郑氏集团从事丝绸贸易的利润，大致与荷兰人相同。
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