790年（贞元六年），葛逻禄与吐蕃联军攻陷北庭，维持西域唐朝守军与内地之间微弱联系的回鹘道被彻底阻断，此后唐朝由于战乱频仍，一直没能恢复对西域的统治，790年是唐朝势力最终退出西域的一个明显的标志。北庭之战以后，吐蕃又在790年至791年（贞元七年）连续攻陷了于阗、西州，包围了唐朝安西都护所在地龟兹。原来由唐朝控制的西域重镇大多都落入了吐蕃与葛逻禄联军的手中。
回鹘势力在790年的北庭战役中受挫。战前，孤守西域的北庭、安西以及天山东部的沙陀等部都迫于压力附属了回鹘，北庭失陷以后，回鹘不仅失去了已经得到的优势，而且葛逻禄部落还在吐蕃的支持下继续东进，一举攻占了北庭以东原来由回鹘占据的浮图川，以至于回鹘不得不将西北的部落羊马迁到汗庭以南的地方，躲避葛逻禄部落的攻击。但是北庭之战对于回鹘的影响和它对唐朝的影响是大不相同的，如果说北庭失陷标志着唐朝经营西域活动的结束的话，那么对于回鹘而言，它就只是一次暂时的挫败。回鹘势力很快又卷土重来，与葛逻禄、吐蕃的联合势力在天山东部地区展开了激烈的争夺，并取得了重大的胜利。
790年以后至840年（唐文宗开成五年）期间，回鹘在西域的活动情况汉文文献记载很少。1889年在鄂尔浑河上游喀喇和林遗址发现的《九姓回鹘可汗碑》（全称作《九姓回鹘爱登罗汨蜜施合毗伽可汗圣文神武碑并序》），为研究这一时期回鹘在酉域的活动提供了重要的线索，也是了解唐朝势力退出以后至回鹘西迁之前的西域历史变迁的重要史料。
791年秋天，回鹘可汗向唐朝政府派遣使节，”献败吐蕃、葛（逻）禄于北庭所捷及其俘畜”。据此，回鹘人显然很快在北庭地区又取得了胜利，但是战争的实际进程如何，回鹘最终是否控制了北庭，汉文史籍阈载。《九姓回鹘可汗碑》中的汉文部分大略记载了这次战争的经过，碑文中说，回鹘军队在天可汗（即808-821年在位的保义可汗，碑文中记述的许多内容是保义可汗继位之前担任内宰相时的事迹）的率领下对北庭”半收半围”，而后，天可汗又”亲统大军，讨灭元凶，却复城邑。”收复了北庭城。并对北庭的居民进行了妥善安置，”食土黎庶，纯善者抚育，悖戾者屏除”，安定了北庭地区的社会环境，恢复了北庭以东的交通。对照汉文史料的记载，回鹘收复北庭的时间应在791年秋季或之前。争夺北庭的最终失利对于吐蕃政权是一个严重的打击，吐蕃因在北庭战役中伤亡过重，曾向南诏征兵，以作为西域战场的补充。
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